Я, конечно, не очень понял условие нашей задачи, но мне видится как‐то так:
Код:
\newcommand{\WeirdNumeration}{(\refstepcounter{equation}\arabic{equation}\mathrm{a},\ \arabic{equation}\mathrm{b})}
\begin{equation}\label{qqq}
asdf
\end{equation}
\[jkdf; \quad jdj \eqno \WeirdNumeration \label{www}
\]
Уравнение \eqref{qqq}.
Уравнение (\ref{www}a).
Здесь добавляются к номерам всегда буквы a, b, и пишущий сам должен знать, какое у него уравнение первое, а какое — второе. (В принципе, это можно обойти.) В моём примере «странная нумерация» и обыкновенные уравнения имеют единую числовую нумерацию. Очевидно, что нужно ставить метку после команды \WeirdNumeration, а ссылки на уравнения приходится делать без помощи \eqref.