Я, например, практически все делал руками. Мне кажется, ТеХ совершенно не приспособлен к нашим традициям. Пусть меня, если что, поправят, я тоже буду рад узнать, какие хорошие пакеты есть.
Зависит от того, что под этим подразумевается. Очевидно что-то отслеживается уже в babel. Из того что я использую: indentfirst (включает отступы сразу после раздела) и misccorr (учёт некоторых особенностей русского набора не учтённых в babel - входит в пакет t2). Перенос формул в тексте предпочитаю обозначать вручную с помощью подсказанной ещё в fido7.ru.tex команды.
В качестве класса я предпочитаю стили из набора KOMA-script (scrartcl, scrbook и т.д.) - там размер страницы по умолчанию гораздо лучше соответствует русским традициям чем замороженные много лет назад article, book и т.д.
Для реализации стандарта ЕСКД есть eskdx. Для библиографии есть gost71u и gost780u.
В пакете t2 есть ещё пара хаков: mathtext (набор русского текста в математической моде) и citehack (кириллические метки для BiBTeX).
?
