Подключите hyperref последним.
Не помогает. Для чистоты эксперимента взял даже минимальный документ:
Код:
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[cp1251]{inputenc}
\usepackage[russian]{babel}
\usepackage[unicode]{hyperref}
\begin{document}
\tableofcontents
\section{бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла бла}
\end{document}
Всё равно тоже самое (что вначале hyperref, что в конце) - не переноситься.
При этом пробовал разные версии пакета hyperref - сначало была 6.79 - обновил до 6.81g: то же самое.
Пробовал также и в TexLive2009 и в MikTeX 2.8 - тотже результат.