Дело в том, что сам по себе addtoreset не избавляет от старых зависимостей счетчиков, а только добавляет новые.
Сделайте так (работает):
Код:
\makeatletter
\@definecounter{section}
\makeatother
\renewcommand{\thesubsection}{\arabic{subsection}}
Счетчик section просто переопределяется без подчинения кого либо.
(обратите внимание: переопределять именно счетчик section).