соответственно оттуда можно снять заряд получить энергию
Загвоздка здесь.
Это известный класс вечных двигателей второго рода, обычно называемых трещотка Фейнмана или броуновская трещотка. Вкратце, а) эта молекула будет заряжаться случайным образом с разной полярностью и в среднем будет выдавать нулевой заряд; б) механизм съёма энергии на таких величинах заряда (и при одинаковой с молекулой температуре) тоже будет работать вероятностно, и иметь практически линейную характеристику (грубо говоря, будет не диодом, а резистором).
Принцип неопределённости и т.д. тут вовсе ни при чём.