В документе класса article с включённым hyperref команда \footnote формирует в итоговой пдф-ке гиперссылку, которая зачем-то ведёт в начало документа. Как исправить это?
Это значит, что у Вас что-то неправильно. Гиперссылка появляется там, где появляется часть \footnotemark и ведет она туда, где находится \footnotetext. Если у Вас \footnote имеет \label, то можно поместить ещё ссылки на этот самый текст через \footref.
Советую прогнать LaTeX трижды и потом проверить.