Вроде бы в FacePay нет задачи понять, что человека не видели, и зарегистрировать его. Там отдельно загружается фотография, и отдельно ищется лицо с камеры среди загруженных.
Скорее всего действительно строится какой-то эмбеддинг лица, дальше либо просто перебор, либо поиск соседей. И сверху возможно еще сеть "одно и то же лицо на двух фотографиях или разное".
Детали конкретно FacePay в открытом доступе есть вряд ли. Вообще задача называется face recognition, примеры как её решают есть на
paperswithcode.