... имеет ли смысл прибегать к каким-то выжиманиям, подстройкам... Мне бы, конечно, стопроцентно гарантированный доступ к файлам на флешке.
Флешки имеют ограниченное число перезаписей (то есть срок службы), поэтому о 100% надежности хранения можете забыть. А уж если флешка с самого начала капризничает, это значит, что никакого доверия ей нет и она может в любой момент вообще сдохнуть практически без шансов что-то с нее скачать. То есть какие-то шансы остаются, но стоимость восстановления части файлов может быть много больше цены нескольких винчестеров.
Флешка 32 Гб стоит порядка 500 руб.
Винчестер 500 Гб - порядка ~ 3000 руб. Покупать винчестер меньшей емкости, чтобы сэкономить пять сотен рублей не имеет смысла.
Но вам конечно виднее что покупать.
А какую емкость имеет винчестер вашего компьютера и сколько на нем свободного места? Так ли вам нужны флешки, да еще и с дублированием? Если вы храните архивы, то их действительно надежнее и удобнее иметь например, в сети на яндекс-диске, потому что архивы на то и архивы, что они очень редко требуются. А то, что требуется для ежедневного использования можно хранить на винчестере с системой.