Всё человечество произошло от двух спарившихся рыб или от множества таких пар?
От множества. Две спарившиеся рыбы добавили какой-нибудь один новый для рыб ген, впоследствии вошедший в геном человека. Другой новый для рыб ген - две другие спарившиеся рыбы, и так далее. Следует учесть, что гены появлялись не одновременно, так что рыба, добавившая

-ый новый ген, могла быть потомком рыбы, добавившей какой-то из предыдущих

новых генов. Но не обязательно им была.
Допустим одна пара дала потомство, к примеру, сто рыб. С кем они (потомство) спаривались, между собой или с рыбами потомства других пар?
В общем случае с рыбами потомства других пар. Близкородственное скрещивание нельзя исключить, но оно не является существенной движущей силой эволюции. Более того, очень малые популяции, где всё скрещивание близкородственное, вымирают из-за накопления вредных рецессивных генов.
Какую литературу можно прочитать, чтобы понять это?
Из того, что попроще
Докинз. Самое грандиозное шоу на Земле. Сложнее, но обстоятельнее
Марков, Наймарк. Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий.