Я, кажется, понял причину Вашего непонимания. Вы полагаете, что прилагательные "зависимые" и "независимые" относятся к переменным. А они относятся к выборкам.
При независимых выборках попадание элемента генеральной совокупности в выборку по второй переменной не зависит от элементов первой выборки. А если мы рассматриваем пары, тройки и т.п. наблюдений на одной и той же выборке - попадание элемента в выборку по второму параметру зависит от его наличия в выборке по первому.
Поэтому "зависимые выборки" и "зависимые переменные" это понятия разных логических рядов. Если, исследуя зависимую выборку, мы показали независимость переменных - никакого противоречия не возникает.
Да, при таком подходе противоречия не возникает.
Вообще, в курсах математической статистики частенько вбрасывают термины из теории сэмплирования (sampling theory), никак не оговаривая, что ко многим понятиям из матстатистики (например, статистической зависимости переменных) они прямого отношения не имеют. При этом в них частенько дают определение термина "выборка" через термины матстатистики (случайные величины и прочее), а затем в середине курса вводят всякие термины вида "зависимая выборка", "простая выборка", "стратифицированная выборка", которые основаны на понятии числовой выборки из конечной популяции из теории сэмплирования. К счастью, когда я изучал статистику в универе, то лектор использовал термин "парные выборки", и у меня вопросов не было - было как-то сразу ясно, что это термин из теории сэмплирования.
К некоторому запутыванию приводит еще тот факт, что "зависимые выборки" можно рассматривать как выборки, порожденные "зависимыми переменными" в 90% случаев. Возникает большой соблазн ошибочно отождествить эти понятия (считать, что все зависимые выборки порождены зависимыми случайными величинами). Так что я пожалуй останусь при своем мнении, что термин "парные выборки" или "связанные выборки" более удобный. Да и в англоязычных источниках термин "paired samples" сейчас встречается в
8 раз чаще, чем фраза "dependent samples" (легко проверяется гуглом - по термину paired samples находится в 8 раз больше ссылок, чем по термину "dependent samples"). Так что его можно считать более общепринятым. В русскоязычных источниках термин "зависимые выборки" пока слегка опережает по частоте упоминаний термин "связанные выборки" и "парные выборки", но эта ситуация скорее всего изменится уже через несколько лет (сейчас народ все больше статей пишет на английском и перенимает термины оттуда, и правильно делает).
Кстати, сразу вспомнился пример, когда в матстатистике и в теории сэмплирования используют одинаковый термин с несколько разными значениями (вредная омонимия). Например, в ([url]http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php?title=Выборка#.D0.9F.D1.80.D0.BE.D1.81.D1.82.D0.B0.D1.8F_.D0.B2.D1.8B.D0.B1.D0.BE.D1.80.D0.BA.D0.B0[/url]) термин "простая выборка" определен как i.i.d. выборка случайных величин (я встречал такое еще в нескольких источниках, в том числе в учебниках топовых московских вузов).
Тогда как в теории сэмплирования простая выборка - это "разновидность случайной выборки, отбор объектов в которую производится непосредственно из всей массы объектов генеральной совокупности в форме случайного отбора, при котором каждому объекту генеральной совокупности обеспечивается одинаковая вероятность быть выбранным." При этом, как правило, выбор делается без возвращения, то есть если размер популяции небольшой, то такую числовую выборку даже нельзя считать аппроксимацией реализации i.i.d. выборки случайных величин.