Собственно сомнения у меня в том, что сила сопротивления пружины, приложенная к донышку, равна силе, приложенной к центру масс. То есть, что она передается одинаковым образом, как при неподвижном, так и при движущемся центре масс.
Ну так задана же связь между 

 и 

, и она абсолютно жёсткая: 

 Я просто пользуюсь тем, что 

 - это положение центра масс всей конструкции, 
включая коробочку.Как физически реализовать равномерное движение массы относительно корпуса?
Перечитайте тему, на которую дана ссылка, в который раз говорю. Там не равномерное движение, а равноускоренное.
Далее пошли колебания вокруг начальной точки покоя:
Колебания, конечно, лишние. В реальных весах имеются потери, так что колебания затухают. Я тоже мог их ввести в уравнение, но поскольку я знал, что рассмотрю предельный случай, мне это не понадобилось.
Между прочим, вы не указали значений 

 и 

 в ваших симуляциях. Это достаточно важно, потому что приближаться надо ко вполне определённому предельному случаю.