Я вот тоже уже ничего не помню, но мне тоже очевидно, что вы что-то путаете. Зачем разлагать матрицу A в произведение матриц L и U, если матрица L настолько же произвольна, как и сама A? То есть кто вам в вашем этом методе мешает взять в качестве U единичную матрицу?
Добавлено спустя 18 секунд:
Если мне не отшибает память, то метод Холецкого (он же квадратного корня) -- только для эрмитовых матриц.
+1.