Считается, что симплекс экспоненциален в самом худшем случае, когда мат-модель примитивная и не повезло с seed-параметром солвера. В остальных случаях симплекс как минимум суб-экспоненциален, и как максимум полиномиален
Не понимаю, какой смысл Вы вкладываете в понятие "примитивная модель"? Модель определяется конкретной задачей, она такая - какая есть. Проблемы, связанные с некорректной формулировкой задачи связывать с недостатками метода оптимизации, не совсем уместно.
В целом да, экспоненциальная сложность - это самый худший случай, но и полиномиальная - практически недостижима. Обычно, что то по середине и на больших задачах метод внутренней точки гарантированно выигрывает (большая задача - это несколько тыс. ограничений и более). Лично у меня, на числе 5000 тыс. симплекс уже начинает "захлёбываться", и затем его сложность растёт катастрофически. Это методическая проблема, она не решается оптимизацией кода и наращиванием вычислительной мощности. Да, число переменных, действительно, влияет не так сильно, хотя цифра 3,5 млн. впечатляет.
К стати
Grantorino, если число ограничений намного больше числа переменных, имеет смысл перейти к двойственной задаче, в которой переменные и ограничения меняются местами.