А про оглавление не очень понятно, т.к. если я буду в каждом томе делать как делаю сейчас,
Тогда вам стоит забыть почти все, что я написал, сделать один master.tex, в нужных местах вставлять оглавление и список литературы, а также рестартиовать счетчик страниц (см выше), а потом просто разбить полученный pdf чем нибудь на две части.
Для меня это было неприемлемо поскольку было 5 томов по ~750 стр, и я хотел оглавление быть "глубоким", т.е. включать в него разделы низкого уровня, а кроме того иметь в каждом томе оглавление всех томов, но "мелкое".
С этой целью я сделал все как описал, а потом взял .toc файлы всех томов, объединил их в один, с помощью egrep выделил то, что относится к главам и выше, потом вручную отредактировал этот файл, и включил его в каждый том в нужном месте через
\input. Следует помнить, что (почти) все вспомогательные файлы, создаваемые LaTeX текстовые, но они для "внутреннего" пользования, однако хакер может с ними поиграться. Это разумеется не относится к .log , который имеет, напротив, только "внешнюю" ценность