GAUSIAN энергия атомов.

[BIG_DATE]

В общем так.
Учился я себе на IT и вдруг поступил в магистратуру на химфак. И обалдел....

Занятий нет. Поэтому сам разбираюсь. И вот делаю лабы я из нета. В каждой из них нужно посчитать энергию молекул фтороводорода. Открываю я файл расчёта и вижу там:

# opt mp2/6-31g(d,p) geom=connectivity
....
HF
 --
 Symbolic Z-matrix:
 Charge =  0 Multiplicity = 1
 F                    -1.625     0.24998  -0.00327 
 H                    -2.505     0.24998  -0.00327 
 ....
                       Standard orientation:                         
 ---------------------------------------------------------------------
 Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
 Number     Number       Type             X           Y           Z
 ---------------------------------------------------------------------
      1          9           0        0.000000    0.000000    0.092135
      2          1           0        0.000000    0.000000   -0.829211
 ---------------------------------------------------------------------
 Rotational constants (GHZ):      0.0000000    622.0633900    622.0633900

 **********************************************************************

            Population analysis using the SCF density.

 **********************************************************************

 Orbital symmetries:
       Occupied  (SG) (SG) (SG) (PI) (PI)
       Virtual   (SG) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (DLTA)
                 (DLTA) (SG) (PI) (PI) (SG) (SG)
 The electronic state is 1-SG.
 Alpha  occ. eigenvalues --  -26.27787  -1.57764  -0.74132  -0.62669  -0.62669
 Alpha virt. eigenvalues --    0.21693   1.02926   1.31986   1.48856   1.48856
 Alpha virt. eigenvalues --    1.70725   1.89549   1.89549   2.15733   2.15733
 Alpha virt. eigenvalues --    2.84684   3.03587   3.03587   4.01171   4.11647
          Condensed to atoms (all electrons):
               1          2
     1  F    9.118735   0.278507
     2  H    0.278507   0.324251
 Mulliken charges:
               1
     1  F   -0.397242
     2  H    0.397242
 Sum of Mulliken charges =   0.00000
 Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
               1
     1  F    0.000000
 Electronic spatial extent (au):  <R**2>=             13.1933
 Charge=              0.0000 electrons
 Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=              0.0000    Y=              0.0000    Z=             -1.9799  Tot=              1.9799
 Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=             -5.3785   YY=             -5.3785   ZZ=             -3.3187
   XY=              0.0000   XZ=              0.0000   YZ=              0.0000
 Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=             -0.6866   YY=             -0.6866   ZZ=              1.3732
   XY=              0.0000   XZ=              0.0000   YZ=              0.0000
 Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=              0.0000  YYY=              0.0000  ZZZ=             -1.9188  XYY=              0.0000
  XXY=              0.0000  XXZ=             -0.1532  XZZ=              0.0000  YZZ=              0.0000
  YYZ=             -0.1532  XYZ=              0.0000
 Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
 XXXX=             -2.8797 YYYY=             -2.8797 ZZZZ=             -2.6619 XXXY=              0.0000
 XXXZ=              0.0000 YYYX=              0.0000 YYYZ=              0.0000 ZZZX=              0.0000
 ZZZY=              0.0000 XXYY=             -0.9599 XXZZ=             -1.1816 YYZZ=             -1.1816
 XXYZ=              0.0000 YYXZ=              0.0000 ZZXY=              0.0000
 N-N= 5.169170725626D+00 E-N=-2.504841450534D+02  KE= 9.982389905916D+01
 Symmetry A1   KE= 8.716154838411D+01
 Symmetry A2   KE= 5.503180776131D-51
 Symmetry B1   KE= 6.331175337526D+00
 Symmetry B2   KE= 6.331175337526D+00
 1|1|UNPC-USER-PC|FOpt|RMP2-FC|6-31G(d,p)|F1H1|USERS|03-Aug-2018|0||# o
 pt mp2/6-31g(d,p) geom=connectivity||HF||0,1|F,-1.6043270598,0.2499785
 7,-0.0032724|H,-2.5256730802,0.24997857,-0.0032724||Version=IA32W-G09R
 evD.01|State=1-SG|HF=-100.0111533|MP2=-100.1946391|RMSD=2.947e-009|RMS
 F=4.300e-006|Dipole=-0.7401619,0.,0.|PG=C*V [C*(H1F1)]||@

Я правильно понимаю, что энергия атомов:

Mulliken charges:
               1
     1  F   -0.397242
     2  H    0.397242

Почему одно +, а другое - - тоже не понятно, но пока ладно. Но почему нужно считать сумму энергий в задании лабораторной вообще не понятно. Ведь для двух атомов всегда нуль выходит. Похоже, что я что-то не то смотрю.
Прошу подсказать где найти энергию атомов в гаусиане.

-- 03.08.2018, 23:11 --

Хватит смотреть!
Давайте отвечать! Кто химик тут я или ВЫ!

[BIG_DATE]

Разобрался. Я делал # opt mp2/6-31g(d,p) geom=connectivity
А надо было рассчитать отдельно энергию каждого атома в новом проекте.

[madschumacher]

BIG_DATE в сообщении #1330457 писал(а):

Я правильно понимаю, что энергия атомов:

Серьёзно?! Заряд приравнять к энергии?
И да, энергии атомов считаются по отдельности. Из расчёта молекулы их не вытащить.

P. S. Если Вы закончили It специальность, то считать Gaussian-ом (с 2мя "s") -- это очень странно. Вместо проприетраного софта для домохозяек могли бы какой-то приличный софт, типа Orca или GAMESS изучать.

P. P. S. То же ITшное образование могло бы помочь Вам найти в Гугле форум, специализированый на квантовой химии. И понять, что активность раздела "Химия" на этом форуме весьма низка.

[BIG_DATE]

madschumacher в сообщении #1330515 писал(а):

BIG_DATE в сообщении #1330457 писал(а):

Я правильно понимаю, что энергия атомов:

Серьёзно?! Заряд приравнять к энергии?
И да, энергии атомов считаются по отдельности. Из расчёта молекулы их не вытащить.

P. S. Если Вы закончили It специальность, то считать Gaussian-ом (с 2мя "s") -- это очень странно. Вместо проприетраного софта для домохозяек могли бы какой-то приличный софт, типа Orca или GAMESS изучать.

P. P. S. То же ITшное образование могло бы помочь Вам найти в Гугле форум, специализированый на квантовой химии. И понять, что активность раздела "Химия" на этом форуме весьма низка.

Спасибо за ответ.
Хз почему научник считает эту прогу нормальной.

[madschumacher]

BIG_DATE в сообщении #1335820 писал(а):

Хз почему научник считает эту прогу нормальной

Да нет, она нормальная. Только это квантовая химия для домохозяек. Огромный, дорогой (ооочень, порядка десятков косых убитых енотов за версию для ПК), почти всемогущий блендер, не требующий никаких настроек и умений у юзера. Он, правда, имеет очень жесткую политику монополизации квантовой химии...
По сравнению с ним, другие платнык квантово-химические пакеты (Turbomole, Molpro) - - просто душки.

[Munin]

madschumacher в сообщении #1335835 писал(а):

Он, правда, имеет очень жесткую политику монополизации квантовой химии...

Ой, а что это значит?

[madschumacher]

Munin в сообщении #1335847 писал(а):

Ой, а что это значит?

Я не очень удачно выразился. Что я имел в виду ниже.

• Цены весьма и весьма нехилые (особенно для юзеров из РФ): от (1+)к до (6+)к зелёных убитых енотов за 1компьютерную версию для академических пользователей. Подробнее: http://gaussian.com/pricing/.
• Даже если есть бабло, то не факт, что лицензию получится приобрести (например, суперкомпьютерную версию МГУ так и не смог). Корпорация Гауссиан придирчива к выбору тех, кому и как продавать свой волшеееебный софт.
• Лицензионные условия у Gaussian-а весьма и весьма строгие. У читавших (например, админов кластеров) волосы вставали дыбом от вещей, прописанных там. Например, если сдохнет комп, на котором установлена лицензия, то потраченные у.е. улетают в трубу безвозвратно.
• Есть интересный сайт http://www.bannedbygaussian.org/, в котором имеется список исследователей, которым Gaussian не продаст свою лицензию. Попасть туда достаточно просто, например, можно сделать тест производительности Gaussian vs. любой другой софт и опубликовать результаты. Майкл Фриш, глава этой корпорации добра и науки, написал ответ (http://gaussian.com/silly/), но как-то не очень, на мой личный взгляд (хотя, конечно, здравые моменты есть у него, где он отвечает на перегибы от первого сайта).

В результате, подсевшие на этот квантово-химический пакет для домохозяек, абсолютно неспособны к новым пакетам, из-за чего не имеющим лицензии приходится добавлять в соавторы/в благодарности людей, имеющих доступ к лицензионной версии.
Ну и как завершение:

photon190573 в https://photon190573.livejournal.com/7003.html писал(а):

У нас было 2 версии Гамесса, взломанный ADF, 6 версия Турбомоля, исходники CFOUR и целое множество псевдопотенциалов всех сортов и расцветок, а также Gromacs, Orca, Природа, последний билд Гауссиана и CP2K. Не то, что бы это был необходимый запас для исследования. Но если начал собирать софт, становится трудно остановиться. Единственное что вызывало у меня опасение — это Гауссиан. Ничто в мире не бывает более беспомощным, безответственным и порочным, чем гауссианщики. Я знал, что рано или поздно мы перейдем и на эту дрянь.

P.S. возможно подобное может относиться и к другим, более жизненно важным пакетам, типа Wolfram Mathematica, Maple, Matlab, Solid Edge, NX и т.д., но тут я уже не знаю.

[Munin]

madschumacher в сообщении #1335881 писал(а):

В результате, подсевшие на этот квантово-химический пакет для домохозяек, абсолютно неспособны к новым пакетам

Вот это непонятно, а почему? Чем-то он всё-таки хорош?

[madschumacher]

Munin в сообщении #1335885 писал(а):

Вот это непонятно, а почему? Чем-то он всё-таки хорош?

Он очень прост в использовании и там есть почти всё в black box fashion. Но, к сожалению, юзеры часто не обращают внимания на всякие технические детали и сообщения, говорящие о том, что в расчётах случилась фигня. Поэтому могут артефакты методов интерпретировать как результаты.
А так то он, конечно, хорош, и опытные пользователи могут делать с ним очень хорошие исследования.

Правда, например, для пользователей UNIX/Linux, которым может, например, потребоваться парсинг выходных файлов Gaussian-а, это делать весьма сложно, т.к. формат выдачи в зависимости, скажем, от квант.хим. метода меняется! Плюс, в выдаче бывают косяки, из-за чего оказывается необходимым использовать специально форматированный кусок файлов (в котором зашиты все результаты), и вот он то -- катастрофически сложен для парсинга.

[Munin]

madschumacher в сообщении #1335891 писал(а):

Он очень прост в использовании и там есть почти всё в black box fashion.

Ну и кто мешает конкурентам слепить такое же?

[madschumacher]

Munin в сообщении #1335908 писал(а):

Ну и кто мешает конкурентам слепить такое же?

Дык слепили. И бесплатные в т.ч., и с крутыми мануалами, и более быстрые (за что кстати в лист BannedByGaussuian и попали ). Например,
Reinhart Ahlrichs (RIP) -- создатель Турбомоля (тоже платного пакета, с отвратным интерфейсом в виде Bash-скрипта, задающего вопросы пользователю, но имеющего офигительную производительность и с кучей всяких крутых штук).
Jurgen Gauss -- один из создателей CFOUR, рассчитанной в первую очередь на крутую реализацию coupled-clusters.
Mark S. Gordon (создатель GAMESS US). Картинка ниже может сказать о нём больше, чем я:

Наиболее (по моему мнению) сильный соперник Gaussian -- это Orca.
Юзер-френдли, более быстрая, с кучей опций (за счёт которых может делать Gaussian по производительности), да её и бесплатная!

[Munin]

А тогда почему мы про GAUSSIAN вообще говорим, чем он выделяется, почему не прогорели до сих пор?

[madschumacher]

Munin в сообщении #1335933 писал(а):

А тогда почему мы про GAUSSIAN вообще говорим, чем он выделяется, почему не прогорели до сих пор?

Честно говоря, понятия не имею.
Впрочем, они были первыми.
Мы же не удивляемся успеху Мелкомягких и Ай-Яблок, несмотря на существование Linux и FreeBSD?

[Munin]

(Оффтоп)

Надо сказать, что и ММ и АйЯ не просто "были первыми", но и по ходу прилагали немало усилий, чтобы ими оставаться. Где IBM OS/2, где Altair? Amiga?

[madschumacher]

Ну вот Gaussian тоже прилагают. Очередная корпорация Добра.