Рассмотрите еще такую ситуацию: птичка влетела в вагон в открытую дверь, дверь закрылась, а птичка там парит еще несколько секунд, чему равен вес вагона?
А вообще, применительно к рассматриваемой (замкнутой) системе:
- Если птичка достаточно длительное время находится в состоянии прямолинейного горизонтального полета, то сила тяжести, действующая на нее, компенсируется подъемной силой, соответственно на воздух действует равная по величине, но противоположная по знаку сила, которая передается стенкам вагона (не только полу) и складывается с весом пустого вагона.
Даже в этом случае точного равенства

может не быть в силу необратимых потерь.
- Если птица набирает высоту, то общий вес системы растет, снижается - падает.
Странного в этом ничего нет. Поставьте вагон на весы, войдите в него, закройте дверь и попрыгайте.