Используйте какую-либо из стандартных функций работы с временем: clock, cputime, etime, tic, toc или другую. Измерить затраченное время центрального процессора можно, например, так:
Код:
Start = cputime;
... (Ваши функции);
Elapsed = cputime - Start
Пользуйтесь Matlab'овским help'ом.