Насколько я помню, в отличие от атомных часов, кварцевый резонатор - штука настраиваемая. На какую частоту настроишь, такая и будет генерироваться.
Именно. Собственно, частота кварцевого резонатора - это резонансная частота колебаний кварцевой пластинки (в самом обычном механическом смысле). Так что какую пластинку вырежешь, такой результат и получишь.
Поэтому да, "кварц не кошерный". Как и многие другие макроскопические часы.
Ну, для "кошерности" нужны две вещи:
1) Требуемая относительная погрешность, которая должна быть меньше величины искомого эффекта. У кварцевых стандартов частоты ее в принципе для этой задачи хватает, но практически без запаса. Соответственно, если кварцевый стандарт не самый лучший, его попросту не хватит.
2) Использование оборудования именно для поиска эффекта.
Поскольку релятивистские поправки для заданной орбиты легко считаются, для навигационных спутников проще заложить поправку прямо в реализацию стандарта частоты, что в данном случае означает просто использование резонаторов определенной толщины.