А все оказалось просто: нужно в адресной строке той папки, в которой лежит файл .tex, написать asy *.asy (причем пробел ставить обязательно) и нажать Enter. И все файлы .asy обработаются автоматически.
(Оффтоп)
Неужели никто здесь этого не знал? Написать-то пару строк.