Для запуска jar-файлов прямо из Explorer'а, нужно, чтобы расширение .jar правильно ассоциировалось с запускающим приложением (на Windows 7/8: "Control Panel" -> "Default Programs" -> "Associate a file type or protocol with a specific program").
Я запускаю свои jar-файлы из командной строки, например:
Код:
"C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.7.0_80\bin\java" -jar Actions.jar
Здесь текущая папка - та, где находится Actions.jar. В моем случае это удобнее, т.к. там же находятся дополнительные классы и JNI-библиотеки.
Командная строка позволяет легко переключаться между версиями Java.