Спасибо за подсказки.
Проблему решил следующим образом:
1. Делаю отдельные pdf-статьи со своим списком литературы для каждой;
2. Для сборки отдельных pdf-статей в один файл использую утилиту pdftk.
$ pdftk article1.pdf article2.pdf article3.pdf cat output merged.pdf
Гиперлинки остаются все рабочие (в том числе и внутренние)
Если есть гиперлинки между статьями, то:
1. Включаю библиографию прямо в текст каждой статьи. В статьях использую уникальные ссылки на литературу, как посоветовал Red_Herring {ivanov2016} -> {art3-ivanov2016}. Иначе нумерация в статьях будет неправильной
2. Компилирую main.tex
\input preamble.tex
\begin{document}
\input article1.tex
\input article2.tex
\input article3.tex
\end{document}
Заменить \input article1.tex на \include{article1} не получается, выдает ошибку. Но с \input все заработало.
На выходе получаю общий документ (сборник статей) со множеством списков литературы, правильными гиперссылками.