Давайте с конца.
Волновая функция конкретно взятого атома является однозначной или нет? Если является, то есть ли численные решения (графики?) этих волновых функций.
Волновая функция комплексна и определена с точностью до фазового множителя
поэтому в общем случае нарисовать ее затруднительно. Кроме того, уж больно от многих переменных она зависит. Численные решения конечно есть.
прочитал еще про такую вещь как интеграл перекрытия, однако после пары страниц формул вообще перестал что-либо там понимать
Боюсь, что надо учебник по квантовой механике перечитать или что-то более конкретное спросить. В двух словах две страницы формул объяснить затруднительно.
какие нужно учитывать "величины"(условия, явления и т.д.), что бы сказать что два атомарных водорода объединяться в молекулу
Нужно показать, что энергия двух атомов, объединенных в молекулу меньше суммы энергий каждого атома по отдельности. Для этого нужно написать гамильтониан соответствующей квантово-механической системы и оценить его нижнее собственное значение.
связь образуется из-за перекрытия волновых функций электронов
Связь образуется, когда из-за обобществления электронов энергия системы понижается.
как понимаю, расстояние, на котором суперпозиция волновых функций, дает минимум энергии (если дает), является устойчивым (то есть образует связь)
Загадочная фраза, что она означает - бог весть.