Что же плохого может приключиться, если мастер-файл и файлы глав, подключаемые include, будут в одной папке?
Ничего страшного. Но если глав много, да у глав есть по паре вариантов, то будет достаточно неаккуратно. Не след забывать, что при многих пакетах могут появиться очень многие вспомогательные файлы с разными расширениями.
Что касается aux файлов, то они (как и другие) вспомогательные файлы появляются автоматически. Но, в отличие от других, если chapter1.tex лежит в отдельной директории, то chapter1.aux появится там (а master.aux—там где master.tex, и он будет знать где лежат chapter1.aux и т.д.). Кстати, в главную директорию следует положить и foo.aux, bar.aux и т.д. — при использовании пакетов xr или xr-hyper (для кросс-ссылок) [всё это без специальной output-directory]. Можно использовать разные подходы—главное чтобы сам (и соавторы, или консультанты, если имеются, и "комиссия по научному наследству", если что случится не запутались. И чтобы редакторы не поминали твоего имени вкупе со всеми ругательствами, им известными).
А что такое "страшное" ? Страшное с точки зрения LaTeX? Так LaTeX может часто вытерпеть и «свальный грех», и плохо сформатированный код, и дикие имена файлов вроде V23.tex и бог знает что ещё. А вот пользователь разобраться в этом безобразии по прохождении какого-то времени (не говоря о соавторе) сможет с большим трудом.
файлов, то ли ещё чего), которая пофиксилась сразу же как я разнёс файлы по отдельным диреткориям.