2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки





Начать новую тему Ответить на тему
 
 Построение филогенетических деревьев
Сообщение04.03.2017, 22:16 
Аватара пользователя


13/08/13
2750
Можно ли из сравнения ДНК получить укоренное филогенетическое дерево когда гипотеза молекулярных часов неверна?
Есть ли какой-нибудь параметр вроде информационное энтропии, или что-то типа того.
Как тогда строят фил. деревья с разной длиной веточек.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение05.03.2017, 14:45 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
16/11/17
63897
Такие деревья строят, когда листьев больше двух. Они попросту изображают метрику, расстояния между всеми листьями.

Например, пусть у нас есть три точки, и расстояния между ними 6, 6, 10. Тогда дерево будет нарисовано такое:
    Код:
    |-*
    |-----*
    |-----*
Если вы от каждого листа отсчитаете расстояние по ветке до точки ветвления, а потом до другого листа, то так вы и получите числа 6, 6, 10. (Заметим, что неравенство треугольника выполняется, иначе такое дерево нельзя было бы построить.)

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение05.03.2017, 17:02 
Аватара пользователя


13/08/13
2750
Ну это то понятно, а как отсюда время (т.е. количество мутаций от последнего общего предка) получить? Как корень дерева найти?

-- 05.03.2017, 17:03 --

Munin
Суть моего вопроса была про
Цитата:
укоренное филогенетическое дерево
))

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение05.03.2017, 18:36 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
16/11/17
63897
А нету таких.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение05.03.2017, 18:42 
Аватара пользователя


13/08/13
2750
Жалко, т.е. без гипотезы молекулярных часов не обойтись?
Т.е. если сравнить геном человека и шимпанзе, то в принципе могло бы быть что человек произошел от шимпанзе, или наоборот, и нет никакого необратимого параметра по времени?

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение05.03.2017, 21:12 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
16/11/17
63897
Есть некоторые признаки. Например, если у одного животного есть только ген A, а у другого он продублировался, и после этого ещё проэволюционировал, и копии слегка разошлись, то есть мы наблюдаем пару генов A', B'. Тогда первое животное отображает "предковое состояние".

Но по другому гену может быть наоборот. Надо напомнить, что оба животных - современные, и из них никто не произошёл от другого, а оба они произошли от общего предка.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение08.03.2017, 18:37 
Аватара пользователя


13/08/13
2750
Munin
Все таки можно)))
При условии что у нас общий ствол содержит как минимум 3 веточки.
Смысл заключается в том, что в первом приближении мутации для различных времен и видов не пересекаются, и если скажем для какого-то вида в каком-то месте стоит комбинация AGGTT, а у всех других CCCCC, что значит у этого вида произошла мутация, а первичной является CCCCC.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение08.03.2017, 19:18 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
16/11/17
63897
Sicker в сообщении #1198166 писал(а):
Смысл заключается в том, что в первом приближении мутации для различных времен и видов не пересекаются

Это в первом приближении.

Для близких видов этот метод работает. Для более далёких, и для крупных таксонов, - уже нет.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение13.03.2017, 23:45 
Аватара пользователя


13/08/13
2750
Munin
Увы, нельзя даже укоренное при моем предположении... Зато идеально неукоренное, которое вы и рассмотрели)

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение14.03.2017, 10:05 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


27/04/09
20784
Уфа
Укоренённое же.

 Профиль  
                  
 
 Re: Построение филогенетических деревьев
Сообщение14.03.2017, 13:48 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


30/01/06
16/11/17
63897

(Оффтоп)

Может, он имел в виду укуренное?

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 11 ] 

Модераторы: photon, korona, Deggial, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group