Смотря с какой точностью задачу решать. На некотором уровне точности - да, будет.
Картина такая.
Сначала мы имеем, "глядя издалека", две частицы. Сблизились, оттолкнулись, разлетелись. Потерь энергии вообще нет.
Потом мы учитываем излучение в электромагнитном поле. Движения ускоренные - значит, и волны пойдут. Но это пока ещё "нагрев" электромагнитного поля, а не самих магнитов.
Что же насчёт магнитов? Они макроскопические. У них есть длина. Раз есть длина - значит, на расстоянии этой длины, магнитное поле со стороны другого магнита как-то меняется. На данный магнит действуют силы, разные в разных его точках. Его растягивают или сжимают, причём переменным по времени способом. Это возбуждает в нём и какие-то внутренние колебания (вот тут
Cos(x-pi/2) на эту тему очень хорошо написал:
post930543.html#p930543 . Мне аж завидно.). Значит, энергия перешла во внутренние движения. Хотя они пока звуковые, но постепенно, наверняка, энергия рассеется и перейдёт в тепло.
Подумаем ещё вот про какой эффект. Магнит - магнетик, вещество, восприимчивое к внешнему магнитному полю. Внешнее магнитное поле меняется (другой магнит приближается и удаляется). Значит, его магнитное поле сначала намагнитит вещество данного магнита, а потом размагнитит. Это тоже приведёт к потерям энергии в веществе, и в итоге - к нагреву.
Ну, как-то так. Всё это рассуждения, которые можно долго высасывать из пальца. Физика начинается там, где мы попытаемся сравнительно оценить величины этих эффектов, и расставить их по порядку увеличения точности.