Вы разберитесь, какой у вас exe файл. По всей информации pdflatex не видит eps рисунков непосредственно.
Давайте уж вы расскажете, как вы верстаете ваши tex-файлы. Я, как и многие остальные, запускаю Start->Programs->MikTeX 2.8->TeXworks, открываю свой tex-файл, выставляю сверху (точнее, оно так стоит по умолчанию) "pdfLaTeX+MakeIndex+BibTeX" и жму большую зеленую кнопку. Что там под капотом происходит — мне не очень интересно, так как результирующий pdf-файл содержит в себе eps-овские рисунки, и ладно.
Но я не поленюсь слазить и посмотреть, вы только скажите, куда лезть и что смотреть.