2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки




Начать новую тему Ответить на тему На страницу Пред.  1, 2, 3, 4  След.
 
 
Сообщение23.03.2009, 09:00 


14/03/08

209
Новосибирск
sliwer писал(а):
У кошек в заднице мериют, про остальных не знаю.

У англичан тоже в заднице температуру мериют. У англичанок, извините, тоже там же.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 11:42 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #197682 писал(а):
Попытаюсь. Клеточная цитоплазма
сорри, но попытка не засчитана. и вот почему - согласно современным представлениям все биохимические процессы в живой клетке протекают в условиях молекулярного краудинга:
Все биохимические процессы в клетке протекают в высоко концентрированной среде, содержащей белки, нуклеиновые кислоты, полисахариды и низкомолекулярные соединения. В совокупности концентрация макромолекул достигает величины 50–400 мг/мл,
при этом молекулы занимают значительную часть объема среды – до
40%. Подобные условия в клетке обозначаются как «молекулярный
краудинг» (crowding – столпотвотрение)
Vladimirkox в сообщении #197682 писал(а):
модель воды
- ... основывается на стандартных понятиях гидратации и гидродинамики, с поправкой на термодинамику.
не надо изобретать никакой "числомолотилки", которую в последствии сами объяснить не сможете. и тем паче предложить эксперимент по результатам которого мы могли бы судить о правомочности задуманной вами "модели воды".

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 13:33 


21/07/08
595
Цитата:
сорри, но попытка не засчитана. и вот почему - согласно современным представлениям все биохимические процессы в живой клетке протекают в условиях молекулярного краудинга

Дык, я и не спорю с этим. Даже маленькую иллюстрацию позволю себе привести.
Молярная концентрация воды 55,5(5)
Молярная концентрация хлорида натрия в физ.растворе 0,154
Делим первое на второе, извлекаем кубический корень и получаем

Добавлено спустя 10 секунд:

Добавлено спустя 5 минут 35 секунд:

растояние между ионами натрия в "водных слоях" = 7,11
Добавим хлорид (пусть он расположен на прямой соединяющей ионы натрия, чтоб энергия системы была минимальной) = 3,5593
-----------------------------------------------------------------------------------------
Вокруг иона сольватная оболочка (примерно два слоя) - что же остается для растворения всяких глюкоз и альбуминов ?
И во всем этом, массоперенос приходится считать (между ферментом-источником и ферментом-стоком) приравнивая раствор к идеальному газу :oops: .

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 16:11 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #197742 писал(а):
растояние между ионами натрия в "водных слоях" = 7,11
в структурной химии клетки молекулярно-динамические взаимодействия натрий-альбумин самосогласуются с образованием сложного иона и с их участием в образовании агрегированных частиц.
считается, что не имеет никакого смысла рассматривать отдельные ионы, надо сосредоточится на детальному анализе микроскопических
свойств и взаимодействий растворитель - растворитель, ион - ион, ион - растворитель.
вы в итоге, что хотите доказать или опровергнуть?

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 16:44 


21/07/08
595
Цитата:
вы в итоге, что хотите доказать или опровергнуть?

Во всеобсчем масштабе, это
http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=2160
В частности - см. рис. в последнем посте на второй стр.этой темы.

Суть. В последействии генерации ПД должно быть два процесса:
градуальный - типа, спонтанного дефосфорилирования (реакция нулевого порядка?), который обеспечивает оптическую изомеризацию гексозы связанной в ферментативном центре; и квантованный, опосредованный изменением структуры водных кластеров при проникновении натрия в цитоплазму, который понуждает встраивать в структуру олигосахарида тот оптический изомер гексозы, который в данный момент времени находится в ферментативном центре.

Хотса, найти способ перикодировки ВППД в структуру макромолекул, без потери инфы.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 17:10 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #197813 писал(а):
Во всеобсчем масштабе
... :? ничего не объясняет, куда(?) может быть практический выход и кому это надо кроме вас?
Vladimirkox в сообщении #197813 писал(а):
а, найти способ перикодировки ВППД в структуру макромолекул, без потери инфы.
вызванные потенциалы по-вашему перекодируются в макромолекулы? господь с вами, но выходит, вы допускаете что искусственное функциональное возмущение способно каким-то образом разложиться в клетке на решения хим структур ... нет, в природе конечно все запутано, но чтобы с вашим допущением считаться, придется потребовать от вас представить полную модель на каких событиях в клетке мы можем увидеть специфику заявленную вами.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 19:10 


21/07/08
595
Во-первых, в биологически обусловленную модель нейронной сети введено (Vadim, он же один из авторов фундаментального руководства по нейронаукам) понятие «киберген», вот и попытался найти биологическую обусловленность этого понятия.
Во-вторых, если функциональная нагрузка на мембранные карбогидраты сопоставима с из информационной емкостью, то неплохо бы её - выяснить. Шесть оптических изомеров*6 реакционноспособных связей**150 мономерных остатков на натриевом канале, в частности, = очень много, сопоставимо с информационной емкостью ДНК, что из этого можно вытянуть – пока не знаю.

Добавлено спустя 1 минуту 47 секунд:

Лично мне интересно, какие изменения в них происходят при онкотрансформации клетки, и как эти изменения влияют на противоопухолевый иммунный ответ (может гаптены какие отламываются, при спонтанном гидролизе). Онкологами долго муссировалась идея о том, что на клеточной мембране должны существовать маркеры, отражающие функциональное состояние клетки, т.е. интенсивность метаболических потоков.
Цитата:
вызванные потенциалы по-вашему перекодируются в макромолекулы?

О вызванных потенциалах я не упоминал. ВППД – это временная последовательность потенциалов действия.
Цитата:
полную модель на каких событиях в клетке мы можем увидеть специфику заявленную вами

Циклы реверберации

Добавлено спустя 2 минуты 11 секунд:

http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 409&page=9 пост#82
http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 41&page=27 пост#270
приводят к генерации специфических ВППД нейронами, а это приводит к появлению новых антигенных детерминант на его мембране. Как сработать, на верификацию гипотезы, без изделия http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 160&page=2 пост#14 на клеточном уровне – ума не приложу, может, кто умней объявится и пояснит.
На организменном уровне – похоже, что при шизофрении синтезируются аутоиммунные агглютинирующие антитела с психотропными эффектами.
Процедура стандартная – перенос феномена агентом определенной природы.

Добавлено спустя 1 минуту 37 секунд:

В данном случае, моноклональными антителами, конкурирующими по антигенной специфичности с аутоантителами больных, при наличии у последних специфичности к углеводной компоненте плазматической мембраны нейронов. ИМХО – межвидовой пассаж при эндоликворном введении получится.
Ниже, дана ссылка на тему, где видны различные подходы к проблеме и борьба мнений.
http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 73&page=25
пост #246 и 249 мои, можно оспорить, только, пожалуйста, аргументировано.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 20:00 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
мы так никуда не двинемся. не предложено формального аппарата: нет математики и нет уравнений структурной химии.
дабы не изобретать велосипеда, модель клетки тут - http://www.mathcell.ru/ru/about.shtml
можно построить модель любой степени детализированности, весь матинструментарий там есть. удачи.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 22:00 


21/07/08
595
Спасибо!
Я тоже немножко ссылок добавлю, может ещё кому пригодятся
http://sbml.org/Main_Page
http://www.wolfram.com/products/applica ... athwaylab/
http://insysbio.ru/index.php?option=com ... &Itemid=99
http://www.biouml.org/
http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html
http://www.brenda-enzymes.info/

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение23.03.2009, 23:27 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #197973 писал(а):
немножко ссылок добавлю
:) надо было каждую снабдить коротенькой аннотацией. н-р, для sbml пояснить что за язык,
для каких моделей предназначен и ... может быть показать что нибудь свое, удалось что накодить? :wink: или н-р, для второй
ссылки компании Wolfram Research - поизводителя пакета Mathematica, конкретно страница посвещена визуализации биохимических путей. у вас кажется есть опыт применения или я ошибаюсь?
ну и т.д. а то голые ссылки не_пойми куда ведут и вряд ли будут обнаружены теми кто будет юзать поиск по этому форуму.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение24.03.2009, 12:57 


21/07/08
595
В данной теме это офф-топ, да простят меня модераторы, ИМХО - может часть постов перенести в новую тему, здесь я только хотел сказать о связи температуры воды состроением водных кластеров.

(SBML) Systems Biology Markup Language является интернетовским форматом представления программных сред, предназначенных для моделирования сетей биологических реакций.
Системная биология - это представление биологического объекта в виде определенной системы дифференциальных уравнений, для изучения поведения обьекта при линейной экстраполяции от начальных условий по времени.
В середине 2000 SBML признан международным стандартом по соглашению между разработчиками программного обеспечения и пользователями.
.

Добавлено спустя 1 минуту 23 секунды:

В предыдущем посте, ссылка дана на домашнюю страницу портала SBML, где можно найти информацию обо всех его аспектах. Портал предназначен для проведения глобальных опытно-конструкторских работ.
Пройдя по ссылке BioModels Database, попадаем в Европейскую Молекулярно-биологическую лабораторию – Европейский Биоинформационный институт.
Там можно перейти на лист курируемых моделей где, благодаря наличию кураторов и отсутствуют анонимных соавторов (сравни с википедией) - порядка больше.
Дальше можно перейти к (милому моему сердцу) кальциевому осциллятору и получить доступ к публикации содержащей формальное описание модели.
P.S.
Печально наблюдать, как Ваши интеллектуалы тратят время на Тиб...скую медицину, в то время как у классических биологов (типа меня) мозг от каких-нить бифуркаций закипает...

Добавлено спустя 24 минуты 45 секунд:

2 2w ink! У меня создалось впечатление, что Вы мои ссылки не просматриваете по каким-то принципиальным причинам. На нейросаенсе.ру при обсуждении "Фундаментального руководства по нейронаукам", я приводил графики, полученные при верификации гипотезы о гель-золевых переходах PSA-Ca out, графическое представление в Эксцеле , но получены-то они при использовании методов системной биологии, при использовании формул аналогичных опубликованых М.Х.Галимовой"Ферментативная кинетика".
На первом видно формирование возмущения=потенциал действия, на последующих стабилизация осциллятора после ПД, т.е. ваяю потихоньку, для себя. А когда надо заму по науке показать - я в Эксцел для наглядности, потому как он тоже классический биолог, и меня уже - не понимает.
Да ещё и Ерусалимский, наш декан мех.мата, - в отставку подал, совсем плохо стало.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение24.03.2009, 15:38 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
может часть постов перенести в новую тему
нет смысла плодить темы, ныне Правила открытия тем на форуме изменились (см. раздел Работа форума) и при открытии темы нужно писать "простыню" :)
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
(SBML) Systems Biology Markup Language является
- одним из форматов, который органично вписан в библиотеку моделей математической клетки http://www.mathcell.ru/ru/models.shtml
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
тратят время на
на штиблетскую медицину сапожники-альты :lol:
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
мозг от каких-нить бифуркаций закипает
бифуркационные модели настолько просты в анализе, если усвоить одно важное замечание - назначение бифуркации отбирать единственно возможное решение из множества. и все.

Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
Вы мои ссылки не просматриваете по каким-то принципиальным причинам
все подряд конечно я не смотрю. потом меня сразу ввергает в уныние отсутствие формул, неясность судьбы переменных и т.д.
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
при использовании формул аналогичных опубликованых М.Х.Галимовой"Ферментативная кинетика".
признаться справочник один раз держал в руках, но покупать не стал, он мне без надобности.
Vladimirkox в сообщении #198098 писал(а):
потому как он тоже классический биолог, и меня уже - не понимает.
готов оскорбиться за всех биологов :) объяснять надо прозрачнее :wink:

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение24.03.2009, 18:20 


21/07/08
595
Постораюсь по-порядку. Здесь ошибка есть?
Цитата:
Поскольку процесс комплексообразования индуктора с промоутером оперона не может существенно отличаться от процессов известных на сегодняшний день, то можно, приравняв по плотности вероятности реальный оперон и гипотетический, способный реагировать за время прохождении ПД, принято равно 1мсек, и вычислить соотношение концентраций реального индуктора и гипотетического.
У меня получилось, что концентрация гипотетического индуктора должна быть больше, чем у воды = 55,(5)М.
Посчитать-то я посчитал, а вот проверить меня было не кому (ИМХО).
http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 988&page=5
пост#41
Изображение

Добавлено спустя 2 часа 21 минуту 32 секунды:

Цитата:
одним из форматов, который органично вписан в библиотеку моделей математической клетки http://www.mathcell.ru/ru/models.shtml
Почему достижения ИМПБ за 2003 г.? Проект перестал поддерживаться?
А среду для моделирования, с описанием, так и не нашел.

Такие среды есть в третьей и четвертой ссылке в посте от Пн Мар 23, 2009 23:00:23 . Отечественные разработки с описанием на английском языке, почему-то.
DBSolve - на базе делфи (там и бифуркационный анализ удобно делать, и встроенный визуализатор есть), BioUML - на матлабе.

В пятой и шестой ссылках - выход на базы данных.
KEGG - ссылка на базу данных, сформированная на схеме путей метаболизма.
BRENDA - база данных по ферментам, от туда удобно брать константы.

 Профиль  
                  
 
 
Сообщение24.03.2009, 18:24 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


20/11/08
2763
RF, Moskow
Vladimirkox в сообщении #198143 писал(а):
А среду для моделирования, с описанием, так и не нашел.

саппорт там http://www.impb.ru/

 Профиль  
                  
 
 Re: 36.6
Сообщение10.11.2013, 21:19 


10/11/13
1
Слушая аюрведы Торсунова , наткнулся на то , что температура 36,6 образуется в желудке . Не преттендую на великие знания , но может стоит копать в этом направлении . Всё же это многолетние традиции .

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 48 ]  На страницу Пред.  1, 2, 3, 4  След.

Модераторы: photon, Deggial, korona, Ende, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group